l río San Juan corre por unos 200 Km. llevando las aguas del Lago de Nicaragua y de otras tributarias hacia el mar Caribe. En algunas secciones, el río es ancho y sereno, en otras el caudal se torna caudaloso. En diferentes puntos de su curso forma alargadas islotes cubiertos de vegetación.

En su curso superior, es decir entre el lago y el poblado de El Castillo, el río es una ancha y serpenteante corriente con sus riberas abiertas, normalmente cubiertas de pastos y con cierta población dispersa en sus orillas.

Entre El Castillo y la desembocadura de su afluente el río San Carlos, el agua salpica entre raudales y las riberas se tornan más selváticas y solitarias. Entre este último punto y el comienzo de su bifurcación, el San Juan es ancho y majestuoso con varios trayectos rectilíneos flanqueado por una selva tropical (La Reserva Indio-Maíz) llena de una flora y fauna inigualable, que se inicia sobre la margen izquierda. Finalmente, a unos 25 Km. antes de su desembocadura en el Caribe, el caudal emite originando un delta pantanoso en medio del cual han quedado lagunas entrampadas, siendo la Terminal y principal la laguna de San Juan del Norte, antes llamada Greytown Bay.